Trong kháng chiến chống Pháp, về hành chính chính quyền Việt Nam Dân chủ Cộng hòa đổi "quận" thành "huyện", đổi "làng" thành "xã"; bỏ cấp "tổng". Lúc này, quận Trung Quận cũng được đổi thành huyện Trung Huyện.

Tháng 8 năm 1950, lập đặc khu Sài Gòn - Chợ Lớn bao gồm thành phố Sài Gòn - Chợ Lớn (tức Đô thành Sài Gòn - Chợ Lớn), tỉnh Gia Định và huyện Trung Huyện của tỉnh Chợ Lớn hợp nhất. Ngày 27 tháng 6 năm 1951, Ủy ban Kháng chiến Hành chính Nam Bộ (thuộc chính quyền Việt Nam Dân chủ Cộng hòa) nhập hai tỉnh Chợ Lớn và Bà Rịa thành tỉnh Bà Rịa - Chợ Lớn, có khi gọi tắt là tỉnh Bà Chợ. Tỉnh Bà Rịa - Chợ Lớn thuộc Phân liên khu Miền Đông, Liên khu Nam Bộ.

Cũng trong tháng 6 năm 1951 tách khỏi đặc khu ba huyện Hóc Môn, Gò Vấp, Trung Huyện nhập vào tỉnh Gia Định Ninh (gồm hai tỉnh Gia Định và Tây Ninh cũ), huyện Thủ Đức nhập vào tỉnh Thủ Biên (gồm hai tỉnh Thủ Dầu Một và Biên Hòa cũ) và huyện Nhà Bè nhập vào tỉnh Bà Rịa - Chợ Lớn đều mới lập. Ba tỉnh mới này tồn tại đến tháng 7 năm 1954 thì giải thể, phân chia đơn vị hành chính trở lại giống như thời gian trước tháng 8 năm 1950.

Ban đầu, chính quyền Quốc gia Việt Nam và sau đó là Việt Nam Cộng hòa vẫn duy trì tên gọi tỉnh Chợ Lớn và Đô thành Sài Gòn - Chợ Lớn như thời Pháp thuộc.